Мастер-счет некий выделенный текущий счет. Например, только на него приходит СБП.
Но, например, ЕКП можно привязать только к другому текущему счету. При ипотеке несколько лет назад потребовали еще и 3-й текущий открыть для списания платежей. А вот год назад наоборот подключили списание с мастер-счета.
Есть еще всякие ограничения, что нельзя карты разных платежных систем к одному счету привязывать. Но тоже бывают и исключения.
В общем, принципиальное ограничение только одно - входящие СБП, остальные ограничения плавающие.